Las reglas del IVA intracomunitario son más complejas de lo que parecen. La aplicación de las reglas y la dificultad en la interpretación de los textos hacen que el IVA intracomunitario sea uno de los mayores problemas para las empresas que operan a nivel internacional, y un riesgo en materia fiscal.
La auditoría fiscal en materia de IVA permite evitar cualquier riesgo ante una inspección fiscal. El IVA representa un riesgo financiero considerable si no se declara correctamente, o si los documentos fiscales no cumplen la normativa vigente. El diagnóstico de IVA o auditoría de tributaria tiene como objetivo revisar los flujos de mercancías y los flujos de facturación para garantizar su conformidad.
La auditoría también puede consistir en una verificación integral de los extractos de las cuentas de la empresa para identificar los flujos de compra y venta con el fin de comprobar su compatibilidad.