As regras do IVA intracomunitário são bem mais complexas do que parecem. A aplicação das regras e a dificuldade de interpretação dos textos fazem do IVA intracomunitário uma das problemáticas importantes para as empresas com atividade no estrangeiro e um risco em matéria fiscal.
A auditoria fiscal IVA permite prevenir qualquer risco referente a um controlo fiscal. O IVA representa um risco financeiro significativo se não for declarado corretamente, ou se os documentos fiscais não respeitarem a legislação em vigor. O diagnóstico IVA ou auditoria IVA têm como objetivo rever os fluxos de mercadoria e os fluxos de faturação para garantir a sua conformidade.
A auditoria pode igualmente consistir numa verificação completa dos extratos de contas da empresa para identificar os fluxos de compras e vendas e verificar a sua compatibilidade.